The following should apply for all Windows Server versions 2000-2008R2, and the file paths assume default locations. This information was taken from Microsoft KB 822158.
Windows Update or Automatic Update Related Files
%windir%\SoftwareDistribution\Datastore %windir%\SoftwareDistribution\Datastore\Logs
Windows Security Files
%windir%\Security\Database\*.edb %windir%\Security\Database\*.sdb %windir%\Security\Database\*.log %windir%\Security\Database\*.chk %windir%\Security\Database\*.jrs
Group Policy Files
%allusersprofile%\NTUser.pol %Systemroot%\System32\GroupPolicy\Registry.pol
Active Directory Files
%windir%\Ntds\Ntds.dit %windir%\Ntds\Ntds.pat %windir%\Ntds\EDB*.log %windir%\Ntds\Res*.log %windir%\Ntds\Res*.jrs
SYSVOL Files
%windir%\Ntfrs\edb.chk %windir%\Ntfrs\Ntfrs.jdb %windir%\Ntfrs\*.log %windir%\Ntfrs\Eedb*.log %windir%\Ntfrs\FRS Working Dir\Jet\Log\Edb*.jrs %windir%\Ntfrs\Edb*.jrs %systemroot%\Sysvol\Staging areas\Nntfrs_cmp*.* %systemroot%\Sysvol\Sysvol\*.adm %systemroot%\Sysvol\Sysvol\*.admx %systemroot%\Sysvol\Sysvol\*.adml %systemroot%\Sysvol\Sysvol\Registry.pol %systemroot%\Sysvol\Sysvol\*.aas %systemroot%\Sysvol\Sysvol\*.inf %systemroot%\Sysvol\Sysvol\Fdeploy.inf %systemroot%\Sysvol\Sysvol\Scripts.ini %systemroot%\Sysvol\Sysvol\*.ins %systemroot%\Sysvol\Sysvol\Oscfilter.ini %systemdrive%\System Volume Information\DFSR\$db_normal$ %systemdrive%\System Volume Information\DFSR\FileIDTable_2 %systemdrive%\System Volume Information\DFSR\SimilarityTable_2 %systemdrive%\System Volume Information\DFSR\*.xml %systemdrive%\System Volume Information\DFSR\$db_dirty$ %systemdrive%\System Volume Information\DFSR\Dfsr.db %systemdrive%\System Volume Information\DFSR\Fsr.chk %systemdrive%\System Volume Information\DFSR\*.frx %systemdrive%\System Volume Information\DFSR\*.log %systemdrive%\System Volume Information\DFSR\Fsr*.jrs %systemdrive%\System Volume Information\DFSR\Tmp.edb
DHCP Files
%systemroot%\System32\DHCP\*.mdb %systemroot%\System32\DHCP\*.pat %systemroot%\System32\DHCP\*.log %systemroot%\System32\DHCP\*.chk %systemroot%\System32\DHCP\*.edb
DNS Files
%systemroot%\System32\Dns\*.log %systemroot%\System32\Dns\*.dns %systemroot%\System32\Dns\BOOT
WINS Files
%systemroot%\System32\Wins\*.chk %systemroot%\System32\Wins\*.log %systemroot%\System32\Wins\*.mdb